Le monde de Kiera Cameron a été désintégré. En utilisant la sphère temporelle pour sauver Emily, Alec Sadler lui a ôté tout espoir de revenir en 2077. Kiera et Liber8, prisonniers des Indépendantistes, font tout pour s'évader.
Kiera se rend dans le passé pour se confronter au Alec de son espace-temps. Mais elle se rend vite compte que le futur de ce nouvel espace-temps a déjà changé. Jim Martin confesse son pacte avec Liber8 à l'inspecteur Dillon.
Kiera recherche qui l'a tuée dans cet espace-temps. Alec hérite de Piron et découvre qu'Emily travaillait pour Escher alors que l'autre Alec avoue à Emily qu'il a voyagé dans le temps pour elle.
Alors que Kiera fait tout pour libérer un étudiant accusé à tort par la police, elle remet en question son point de vue sur leurs méthodes. Carlos découvre que l'influence de Liber8 s'est étendue jusqu'au sein de son département.
Kiera et Carlos œuvrent pour libérer des otages, dont Dillon, détenus par Liber8 sur un plateau de télévision. Entretemps, l'alliance entre Kellog et Alec est rompue, transformant les deux hommes en adversaires...
Kiera et Carlos, de plus en plus instables, doivent empêcher Liber8 de lancer une attaque chimique sur la ville.
Kiera dévoile à Catherine et à Liber8 la trahison de Curtis. Elle craint cependant que cela ne soit une erreur lorsqu'elle voit Jaworski dans sa cellule et se souvient de son arrestation ainsi que de sa première rencontre avec Kagame et Sonia.
Kiera et Carlos enquêtent sur une attaque au gaz chez Fermitas et remontent jusqu'à une mystérieuse société de sécurité. Pour envoyer un message aux forces de l'ordre, ils tuent quelqu'un du commissariat...
Carlos et Kiera enquêtent sur des cambriolages de haut vol, apparemment liés à l'attaque au gaz chez Fermitas. Ils s'intéressent également à la mort de Betty, malgré les mises en garde de Dylan.
Liber8 envoie Christine Dillon en planque chez Gautuma, laboratoire pharmaceutique sur le point de faire des essais cliniques d'un remède contre la maladie d'Alzheimer. Kiera enquête avec Carlos et en profite pour voler des échantillons...
Jason est le premier à tester « halo », le bracelet créé par Alec, mais les effets secondaires sont inquiétants. Kiera et Brad tombent nez à nez avec Liber8 et Brad est obligé d'expliquer son futur.
Sonia, déçue de ne plus avoir de vocation, fait un ultime sacrifice. Kiera se rend compte qu'elle n'a pas choisi le « bon Alec » et tente de libérer l'autre des mains des Indépendantistes...
Alec présente « halo » au grand public. Kiera en profite pour créer une diversion et échanger les deux Alec. Mais Kellog sort gagnant de cette opération. Kiera et Brad activent la balise pour découvrir s'ils ont changé le futur en mieux…
Kiera, blessée lors de son évasion, voit son désir de rejoindre son fils dans le futur renforcé. Brad cherche à gagner la confiance des soldats du futur pendant qu'Alec se venge de Kellog en piratant Piron...
Kellog fait pression sur Alec en exploitant sa faiblesse : Emily. Kiera négocie avec Alec sans savoir que Liber8 a d'autres plans. Alec, lassé de se sentir inutile, tente de sauver Emilie...
Kellog rencontre son garde du corps, choisi parmi les soldats venus du futur. Kiera et Garza forment une alliance temporaire afin de découvrir le repaire de ces soldats ainsi que leur plan d'action...
Kiera a perdu confiance en Brad depuis que celui-ci semble approuver le plan des soldats du futur. Une étrange rencontre amène Alec à réfléchir sur sa destinée et sa capacité à changer le cours du temps...
Kiera demande plus de temps afin d'arrêter les soldats du futur à sa manière. Brad réussit à gagner suffisamment leur confiance pour connaître leur mission dans les moindres détails. Les soldats du futur lancent un assaut pour libérer leur chef...
Kiera et Alec risquent tout pour stopper l'action des soldats du futur. Kellog, malgré son alliance avec Kiera, prend des initiatives personnelles...
Après la découverte de la cité perdue d'Atlantis dans la galaxie de Pégase, le Dr Weir mandate une équipe de scientifiques émérites afin d'aller l'explorer. Mais la cité reposant au fond de l'océan et son bouclier menaçant de disparaître, ils doivent quitter les lieux. Quant au major Sheppard, il rencontre un peuple, mené par Teyla, et doit affronter de terrifiants ennemis : les Wraith.
Sheppard lance une mission de sauvetage pour délivrer ses compagnons captifs des Wraith sur une autre planète. S’il parvient à libérer les prisonniers, il doit abréger les souffrances du colonel Sumner car la reine des Wraith aspire son énergie vitale. Pensant éliminer les créatures, Sheppard tue la reine, ce qui provoque le réveil de tous les Wraith en hibernation…
Alors que les Athosiens ont été recueillis sur Atlantis, deux jeunes enfants jouent à cache-cache et libèrent accidentellement une entité énergivore qui menace la cité et ses habitants. Par ailleurs, McKay se porte volontaire pour tester la thérapie génique du Dr Beckett en s’inoculant le gène des Anciens afin d'utiliser leur technologie.
La première mission de Sheppard et Teyla se solde par un échec : pris à la gorge par un ectoparasite paralysant, Sheppard regagne en catastrophe la navette Jumper One. Alors que l'équipe voyage à travers la porte des étoiles, leur Jumper se coince dans le vortex, les piégeant entre deux mondes. Ils n’ont que 38 minutes avant que la porte ne se désactive…
Les missions d’exploration se soldant systématiquement par des attaques de Wraith, les voyages sont temporairement suspendus. Le Dr Weir soupçonne la présence d’un espion dans la cité et décide d'interroger les Athosiens. Après que McKay et Zelenka ouvrent le toit d'Atlantis, Sheppard part en reconnaissance et découvre un continent, sur lequel les Athosiens élisent domicile...
Alors que Sheppard et son équipe visitent une nouvelle planète, une source d’énergie les oblige à se poser, leurs appareils ne fonctionnant plus. Ils rencontrent alors les habitants, qui pratiquent un rituel strict interdisant de vivre au-delà de 24 ans pour dissuader les Wraith de venir les enlever...
L'équipe visite la planète des Hoffan, qui ont fabriqué en secret un sérum anti-Wraith. Mais le Dr Beckett estime que celui-ci n'est pas au point. Sheppard propose que Beckett les aide à le perfectionner...
Alors que les provisions d’Atlantis diminuent dangereusement, l’équipe est envoyée sur la planète des Genii, un peuple fermier paisible avec lequel Teyla a commercé par le passé. Préférant étrangement du C4 à des médicaments en contrepartie de leurs récoltes, Sheppard découvre l'existence d'un gigantesque réseau sous-terrain...
Quand le Dr McKay découvre un vortex permettant de revenir sur Terre via la porte des étoiles, certains membres de l'équipe en profitent pour rendre visite à leurs amis. Mais l'équipe et Sheppard s’interrogent sur certains phénomènes étranges et des anomalies qui viennent troubler leur perception.
Alors qu’une tempête cataclysmique menace Atlantis, Sheppard tente de négocier avec la planète Manaria pour pouvoir mettre ses habitants en lieu sûr. Tandis que McKay et Zelenka cherchent désespérément un moyen d’activer le bouclier de protection de la cité, les Genii profitent de la situation pour s'emparer d’Atlantis…
McKay, Weir et le personnel d'Atlantis sont faits prisonniers par une force d’assaut Genii, dirigée par le commandant Kolya. Tandis que Sheppard fait son possible pour leur venir en aide, Teyla, Ford et Carson sont toujours bloqués dans un Jumper sur le continent. Mais la tempête s'intensifie et McKay doit trouver un moyen d'alimenter les boucliers au plus vite.
Sheppard et McKay découvrent l’épave d’un vaisseau de ravitaillement wraith sur une planète ne présentant aucun signe de vie. Mais quand ils trouvent des milliers de corps humains chrysalidés entreposés, pouvant nourrir un bastion wraith sur des décennies, Sheppard pressent un danger imminent et donne l'ordre d'évacuer...
Après que Wagner et Johnson ont été retrouvés morts à la suite d’hallucinations, McKay et son équipe décident de placer la base sous quarantaine. La découverte d'un laboratoire, dans lequel des scientifiques auraient libéré un virus créé par les Anciens, oblige l’équipe à trouver un remède avant que ce dernier ne se propage davantage.
L'équipe est sauvée de justesse d’une attaque wraith par un mystérieux champ énergétique. Intrigués, ils suivent le phénomène jusqu'à la planète Proculis, où ils atterrissent. Après avoir découvert un monde humain immunisé contre les Wraith, Sheppard invite sa protectrice sur Atlantis pour la convaincre de partager ce refuge. Mais McKay doute de sa véritable identité…
L’équipe découvre une femme en état de stase depuis 10 000 ans. Mais à son réveil, il s’avère que l'Atlante congelée est le Dr Weir ! Suite à l'évacuation forcée d'Atlantis, elle se serait échappée en ignorant se trouver à bord d'une machine à voyager dans le temps, puis se serait réveillée cent siècles plus tôt. Ses révélations offrent des informations cruciales pour la survie d'Atlantis.
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